1963年、横浜。港の見える丘にある下宿屋「コクリコ荘」を切り盛りする16歳の少女・海は、毎朝、眼下を通る船に向かって安全を祈る信号旗を揚げていた。タグボートで通学する17歳の少年・俊は、海の上からいつもその旗を見ていた。

二人が通う高校では、文化部部室の古い建物「カルチェラタン」を取り壊すべきかをめぐる騒動が起き、それを通じて海と俊は出会い、互いに惹かれ合っていく。ところが、戦後の混乱期の事情に隠されていた二人の出生の秘密が明らかに。二人が見出した未来とは――。