ニューヨーク・ブルックリンの名門私立校に通う中学生のマイルス・モラレス。実はスパイダーマンでもあるが、まだ力をうまくコントロールできずにいた。そんな中、時空が歪められたことにより、異なる次元で活躍するスパイダーマンたちがマイルスの世界に集まる。長年スパイダーマンとして活躍するピーター・パーカーの指導のもと、一人前になるための特訓を始めることになったマイルスだが……。

全ての"ユニバース"を元に戻すために戦うスパイダーマンたちを描く、まったく新しいアニメーション。